Fundación

Fue fundado en el año 1957 bajo el nombre de Club Deportivo Inca Garcilaso de la Vega, años más tarde compró la categoría en la Primera División de la Liga Distrital del Cusco al Club Deportivo Lucre. Desde su aparición fue el "cuco" del Cienciano del Cusco.

El Club Deportivo Garcilaso posee una historia interesante en lo que respecta a jugadores, debido a que todos eran ex alumnos y alumnos del colegio del mismo nombre. No tuvo suerte como el Cienciano a ser invitado a la división de honor de la liga Peruana, como participante de la Copa Perú, hizo sus mejores campañas en 1979 cuando le denominaron el "Vendaval Celeste" por la prensa de Lima y una de sus últimas mejores participaciones en el año 2000 donde estuvo muy cerca de acceder por derecho al Futbol Profesional del perú.

Campañas en la Copa Perú

Ha participado en varias oportunidades en las etapas finales de la Copa Perú siendo su mejor campaña en 1979 cuando finalizó en tercer lugar empatado con el Defensor Lima, detrás del A.D.T. de Tarma y Aguas Verdes de Zarumilla

Etapa Nacional 2007

Resumen: Este año se celebraba las Bodas de Oro del Deportivo Garcilaso (50 años de vida institucional). Y en medio de mucha expectativa los celestes lograron clasificar a la Nacional sin mayores dificultades. En esta etapa debíamos enfrentar a Unión Minas de Orcopampa. Nosotros logramos dar el primer golpe actuando en condición de local., pero los Arequipeños, finalmente, consiguieron clasificar por mejor diferencia de goles. El desenlace pudo ser mejor, sin embargo fue lo contrario. Y toda la campaña de entonces se machó por la supuesta 'echada' de algunos jugadores que actuaron en ese partido decisivo. Aunque nadie presentó pruebas al respecto. Así fueron los resultados:3

Etapa Regional 2008

Resumen: Garcilaso era líder de su grupo. Con un empate en el último partido era suficiente para clasificar a la Nacional, pero caímos en casa ante los Puneños, y así quedamos fuera de la Copa Perú.

Etapa Regional 2009

Resumen: Hasta el último partido de la fase de grupos nos quedaba algunas chances para pasar a la Etapa Nacional. A Deportivo Garcilaso le restaba un partido ante San Román en casa. Mientras a Jose Maria Arguedas debía jugar dos partidos: uno de visita y otro de local. Nada estaba definido. Pero los andahuaylinos, compraron la localía al Minsa, y ganaron. En cambio nosotros en nuestro propio estadio perdimos el choque que debíamos ganar. Así, nuevamente quedamos fuera de la Copa Perú. Arguedas también ganó el último partido que le faltaba y nos sacó 5 puntos de ventaja.

Etapa Departamental 2010

Resumen: En semifinales de la etapa Departamental, a Garcilaso le tocó enfrentar nuevamente a Humberto Luna. Los celestes tenían más argumentos para llegar a la final, pero situaciones extradeportivas dejaron fuera de carrera a nuestro equipo.

Como recordarán, cuatro jugadores titulares inexplicablemente desaparecieron un día antes del partido en Coya: Jhon Sosa, Mendieta, Miguel Vinces y Blanco se hicieron humo. Ese día solo hubo 12 jugadores disponibles para enfrentar a los calqueños.

Tiempo después, el presidente en ese periodo, Elvis Candia, descubrió que Sosa, Vinces y Mendieta estuvieron escondidos en una casa de Belempampa. Una mano negra sedujo a estos elementos para no jugar. ¿A cambio de qué? Resultados: Lo curioso fue que estos jugadores, una vez eliminado el Deportivo Garcilaso, aparecieron jugando en el Real Atlético Garcilaso en la siguiente etapa, realmente fueron comprados por los Vasquez Granilla?, son los Vasquez Granilla realmente garcilasianos?

Etapa Departamental 2011

Resumen: Tras un inicio pomposo y con ideas rimbombantes, el presidente Mario Yépez renuncia a su cargo y deja al club a la deriva. Sin presupuesto para comprar siquiera un té, la campaña de ese año termina para nosotros en la departamental. En la fase de grupos nos elimina un equipo de Chumbivilcas.

Etapa Departamental 2012

Resumen: Se cambia de directiva, pero las pésimas campañas siguen. En 2012 se apostó por valores cusqueños que nunca lograron estar a la altura de las circunstancias. Y, como sucedió un año antes, también nos eliminaron en la Etapa Departamental, esta vez Real Coporaque de Espinar desnudó el mal momento del club. En el aspecto dirigecial y deportivo nos fue mal. Pero aun así había posibilidades de seguir con vida. En la última fecha debíamos ganar para seguir en competencia, pero perdimos en el estadio de tierra Manuel Prado Ugarteche.

Etapa Departamental 2013

Resumen: Este año fue la peor campaña de la historia, porque casi los eliminan en la Etapa Distrital de lo que al comienzo era un inicio prometedor. El presidente Evert Salas había prometido armar un buen plantel, institucionalizar el club y una serie de buenas propuestas. Parecía que este año el Deportivo Garcilaso llegaría lejos. Sin embargo, Evert Salas renunció debido a que no tenía solvencia económica para cumplir sus promesas electorales y porque la mayoría de integrantes de su directiva lo abandonaron. Deportivo Garcilaso en ese año fue como un barco naufragante que solo buscó hundirse. Fueron eliminados por un club de espinar. Y con ello quedó reconfirmado que el club había caído en un hoyo profundo del cual no puede salir hasta la fecha.

Copa Perú 2015

Regresó a una Etapa Nacional en la Copa Perú 2015 tras eliminar en la semifinal departamental a Atlético Juventud Inclán de Calca luego de empatar 1-1 de visita y lograr un triunfo por 2-1 como local.4 En la primera ronda de la Etapa Nacional sólo logró un triunfo ante Sport Municipal de San Jeronimo y terminó en el puesto 41 de la tabla general.

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